En 1984, estudiantes de filosofía a nivel licenciatura provenientes de las universidades públicas más reconocidas del país convocaron al primer Encuentro Nacional de Estudiantes de Filosofía (ENEF) y acordaron fundar la Coordinadora Nacional de Estudiantes y Pasantes de Filosofía, mejor conocida como CONEFI, y celebrar al menos un encuentro cada año.
El 15 de febrero de 2006 en Santiago de Querétaro, QRO, se constituyó la CONEFI como Asociación Civil (AC), y éste es el primer testimonio público de su existencia, objetivos y organización, mismos que han sido conservados en su esencia hasta la actualidad.
Durante los años posteriores se renovó la Mesa Directiva cada año, pero los poderes legales nunca fueron transferidos mediante acta pública, y año con año los órganos de autoridad de la CONEFI se proponían resolver la situación legal de la AC infructuosamente.
Fue hasta 2017 que el entonces Consejo General, reconociendo la completa inviabilidad de poner en orden la situación legal de la AC, resolvió definitivamente encauzar los esfuerzos de sus líderes en formar y transitar hacia una nueva agrupación, manteniendo la tradición de los encuentros de estudiantes.
En 2018, el Consejo General acordó cambiar provisionalmente el nombre de la organización por el de Fraternidad CONEFI, para mostrar a sus miembros y seguidores que la CONEFI se estaba transformando.
A finales de ese año, y a propósito de la opinión de los miembros vigentes más antiguos de la Fraternidad, el Consejo General acordó suspender de forma indefinida la empresa de constituir una asociación civil, sin renunciar por ello a fortalecer y profesionalizar el funcionamiento de la organización.
En ese tenor, y después de dos años de diálogo, investigación, reflexión e intensas reformas al interior de la organización, el 31 de mayo de 2019 en Puebla, PUE, en el marco del XXXV Encuentro Nacional, fue convocado un Congreso Constituyente que acordó por unanimidad fundar la Comunidad Mexicana de Estudiantes de Filosofía (COMEFI) como una asociación libre.
Entre 2019 y los primeros meses del 2020, el ahora Consejo Nacional de la COMEFI, aprobó los Estatutos Generales y algunos reglamentos que hoy rigen a la organización. Finalmente, el 30 de abril de 2020 el Consejo Nacional dio su visto bueno y publicó el número cero de la Gaceta Comefi.
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